Предметы теоретического и исторического циклов находятся в учебных планах училища с первых лет его существования. Для основательницы и первого директора училища В.Ю. Зограф-Плаксиной, ученицы С.И. Танеева, высокий уровень музыкально-теоретической подготовки учащихся всех специальностей имел исключительное значение. В своей педагогической деятельности Валентина Юрьевна пользовалась вниманием и поддержкой учителя (см. письмо Зограф-Плаксиной Танееву с приглашением на ученический вечер), а его талантливых учеников приглашала к сотрудничеству. Творческие и методические связи училища с Московской консерваторией в дальнейшем никогда не прерывались.

Первым преподавателем музыкально-теоретических предметов в училище был известный московский музыкант, композитор и теоретик И.Н. Протопопов (1866-1912). 2 декабря 1903 года С.И. Танеев писал о нем М.П. Беляеву: «У меня был сейчас И.Н. Протопопов, бывший ученик Лароша по классу контрапункта и мой по классу свободного сочинения. Он мне принес свой квартет, который я ему посоветовал послать Вам в расчете на то, что Вы, быть может, проиграете его на одной из Ваших пятниц. Мне бы очень было интересно узнать, какое впечатление этот квартет произведет на присутствующих и исполнителей» (Подлинник письма хранится в Рукописном отделе Ленинградской консерватории, инв. 2391). Высокая оценка И.Н. Протопопова отражена в письмах Рахманинова к Н.С. Морозову и А.А. Брандукову. В одном из них Рахманинов настоятельно просит поручить четырехручное переложение его Второй симфонии именно И.Н. Протопопову, в другом – рекомендует Протопопова как знающего, делового и работающего педагога-теоретика. В 1898 году в училище силами учащихся ставилась написанная И.Н. Протопоповым опера (исполнялась в сопровождении фортепиано) .

Педагогический коллектив училища постепенно расширялся. В 1903-04 учебном году теоретические классы вели А.В. Никольский, И.В. Гайда, В.А. Северинов (См. Расписание экзаменов за 1903-04 учебный год по классам элементарной теории, гармонии, энциклопедии и инструментовки). В числе педагогов, работавших в училище до 1917 года, были также композиторы и музыковеды В.А. Зиринг, Я.В. Вейнберг, К.Р. Эйгес, Б.В. Калюжный. В 1919-20 учебном году курс гармонии начал вести А.В. Александров. Руководство циклом музыкально-теоретических дисциплин в 1921 году принял на себя И.И. Дубовский. В число педагогов училища вошли композиторы и теоретики П.Д. Крылов и А.Ф. Мутли.

В 1925 году состоялось открытие творческого (теоретико-композиторского) отдела. Это произошло по инициативе студентов класса И.И. Дубовского. По свидетельствам учащихся тех лет, впоследствии известных музыковедов В.В. Протопопова, И.Я. Рыжкина и других, Дубовский внес много нового в преподавание теоретических предметов, в частности полифонии. Курсы предметов теоретического и исторического циклов были дифференцированы на специальные (для учащихся теоретического отдела) и общие (для учащихся остальных специальностей).

На рубеже 20–30-х годов теоретико-композиторский отдел стал одним из сильнейших в стране. В его состав входили авторитетные педагоги, теоретики, композиторы, дирижеры А.В. Александров, С.Н. Василенко, И.И. Дубовский, Д.Б. Кабалевский, П.Д. Крылов, А.Ф. Мутли, В.В. Соколов, И.В. Способин, В.В. Хвостенко. Они вели классы гармонии, контрапункта, фуги, анализа форм, сочинения, инструментовки, чтения партитур, гармонического и контрапунктического сольфеджио. Расписание занятий теоретико-композиторского отдела на 1929/30 учебный год дает представление о специфике его работы.

В 30-е годы почти все молодые музыковеды прошли в училище своеобразную стажерскую практику. Заняв впоследствии ведущие места в Московской консерватории и научно-исследовательских учреждениях столицы, многие из них поддерживали тесную связь с училищем, продолжая вести его классы, выступая в его зале с лекциями и докладами, возглавляя его государственные экзаменационные комиссии и т.п. Среди них А.П. Агажанов, Ф.Ф. Мюллер, Н.В. Туманина и др. В 1938 году в училище начал преподавать Д.А. Блюм.

В годы Великой Отечественной войны теоретико-композиторский отдел возглавлял И.В. Способин. В этот период в училище начали работать музыковеды-теоретики С.С. Григорьев, B.С. Слетов, В.О. Берков, В.Н. Рукавишников, Ф.Ф. Мюллер, историки В.С. Галацкая и В.Б. Григорович; композитор М.П. Зив. Помимо педагогической деятельности, преподаватели вели научную и методическую работу. На заседаниях отдела обсуждались учебное пособие Н.А. Гарбузова по элементарной теории и доклад В.В. Соколова о методике преподавания гармонического сольфеджио. Педагоги секции истории музыки – Е.А. Бокщанина, В.С. Галацкая, Р.А. Пескина, П.С. Рыбакова – изыскивали новые методы преподавания курса, что привело к его коренной перестройке и к созданию первого учебника «Музыкальная литература зарубежных стран», написанного В.С. Галацкой.

Издания задуманных и созданных преподавателями училища учебников и учебных пособий начали осуществляться в послевоенные годы. Вышли в свет «Музыкальная форма» (1947) и «Элементарная теория музыки» (1951) И.В. Способина, Сборник задач и упражнений по элементарной теории музыки В.В. Хвостенко (1947), «Инструментоведение» Д.А. Блюма (1947), «Музыкальная литература зарубежных стран» В.С. Галацкой (1952, 1957) и др.

В педагогический коллектив теоретического отдела послевоенных лет входили В.Б. Григорович, М.Л. Рыцлин, И.Е. Шехонина, В.А. Белоусова, М.Л. Пескина, В.С. Галацкая, В.С. Слетов, В.В. Хвостенко, А.Ф. Мутли, С.С. Богатырев, В.О. Берков, Ф.Ф. Мюллер, М.П. Зив, Б.К. Алексеев, А.Н. Александров, В.Н. Рукавишников, Т.В. Попова. Среди выпускников теоретического отделения этого периода – композиторы П.К. Аедоницкий, А.Я. Эшпай, А.М. Волконский, Н.Н. Сидельников и др.

В 50-е годы в училище начали преподавать А.И. Лагутин, Ю.Н. Холопов, Е.М. Фраенова, В.П. Фраенов. В 1952 году теоретическое отделение возглавил Д.А. Блюм, сменив на этом посту В.С. Слетова. В этом десятилетии студенты-теоретики стали изучать новые предметы – Методику преподавания сольфеджио (введена в 1953 г., первым преподавателем был В.В. Хвостенко, через несколько лет его сменила В.Г. Жаданова) и Методику преподавания музыкальной литературы (введена в 1957, преподаватель – А.И. Лагутин). Эти предметы сохранились в учебном плане до сих пор. Гораздо позднее в училище возникли классы педагогической практики, благодаря которым студенты получили возможность проводить занятия по сольфеджио в 1-7, а по музыкальной литературе – в 4-6 классах. Среди выпускников теоретического отделения 50-х – композиторы В.А. Овчинников, Г.И. Гладков и др.

В 60–80-е гг. музыкально-теоретические и музыкально исторические предметы в училище вели: Д.А. Блюм, В.С. Галацкая, С.С. Григорьев, Ю.Н. Холопов, Ю.А. Фортунатов, В.П. Фраенов, В.В. Базарнова, И.С. Лопатина, И.В. Уберт, Е.И. Чигарева, Н.А. Кохова, Т.В. Плюскова, Л.А. Пешкова, Л.В. Постникова, Л.Г. Краснянский, О.А. Седельникова, Т.С. Кюрегян, Н.В. Прокина, Т.А. Петрова, О.К. Ходыко, Т.Н. Кузьмина, В.П. Демидов, Е.М. Фраенова, Е.М. Царева, И.М. Молчанова, О.И. Аверьянова (Сосновская), Н.М. Зив, И.В. Охалова, Г.В. Жданова, А.И. Пирумов, Н.Н. Сидельников, К.К. Баташов и др. В конце 80-х преподавателями училища стали О.Б. Хвоина, Е.Э. Верещагина, М.В.  Фролова, Е.О. Егорова.

Среди выпускников 60-80-х – выдающиеся музыковеды, композиторы, дирижеры С.И. Савенко, М.В. Юровский, Н.С. Корндорф, М.А. Минков, М.И. Дунаевский, А.С. Соколов, Е.И. Подгайц, Е.О. Фирсова, М.В. Фролова-Уолкер, Е.А. Дубинец и мн. др.

С 1976 года по настоящее время теоретическое отделение возглавляет В.В. Базарнова.

В 1976-77 учебном году в учебный план теоретического отделения училища были введены новые предметы узкой специализации: основы литературного редактирования текста; основы вокальной постановки голоса и культура речи; основы дирижирования хором; сочинение диктантов для ДМШ; исполнение на фортепиано вокальной и хоровой музыки (по программе по музыкальной литературе ДМШ); изучение музыковедческой литературы; композиция (ранее предмет существовал как факультатив); орган (ранее существовал как факультатив); гармония XX века. Все эти предметы сохраняются в учебном плане до настоящего времени (в виде обязательных, дополнительных, по выбору) и соответствуют широкому спектру специализации выпускников отделения.

Студенты теоретического отделения принимают активное участие в конкурсах и олимпиадах по теоретическим предметам, в конференциях по музыкальной литературе, в работе кружков, ведут концерты, создают литературно-музыкальные композиции. В 80-ые годы с композициями «Пушкин в 1836 году», «Поэты пушкинской поры в музыке современников», «Моцарт», «Роберт и Клара» (по письмам Р.Шумана и К. Вик), «Музыка И.Брамса и поэзия Ш.Петефи» и др. студенты-теоретики выступали в музыкальных школах и училищах Москвы, музее-квартире А.Б. Гольденвейзера, в Доме-музее Чайковского в Клину. В это же десятилетие хор учащихся теоретического отделения неоднократно принимал участие в училищных постановках оперы Глюка «Орфей и Эвридика». Спектакли с успехом проходили на сценах Детского музыкального театра Наталии Сац, Концертного зала в Олимпийской деревне и др.

Преподаватели теоретического отделения постоянно ведут научно-методическую работу, создают учебные пособия и хрестоматии, выступают на педагогических чтениях и конференциях. Все разработки пользуются большим спросом в профессиональной среде. На заседаниях комиссии спецкурсов теоретического отделения происходит постоянная коррекция учебных планов, содержания курсов, форм проведения экзаменов и госэкзаменов. В 1991 году были разработаны задания к Госэкзамену по Педагогической подготовке, включающие основные навыки, необходимые преподавателю сольфеджио и музыкальной литературе в ДМШ. В 2003 году по решению комиссии специальных курсов и председателя Государственной экзаменационной комиссии Н.Н. Гиляровой (проректора Московской консерватории, декана ее Историко-теоретического факультета) выполнено перераспределение предметов специального цикла (инструментовка, инструментоведение, гармония, анализ формы, полифония, народное музыкальное творчество).

С 1987 года для студентов, окончивших III курс теоретического отделения, в Доме-музее П.И. Чайковского в Клину проводится летняя экскурсионная и архивная (проводилась до 2001 г. включительно) практика. Ее руководители: В.В. Базарнова (с 1987 по настоящее время), Е.М. Царева (1987), Е.Д. Кузнецова (1996-1999), Н.И. Боголюбская (2007). За 20 лет практику прошли 90 студентов.

С 1987 по 2003 год, в день Торжественного посвящения в студенты училища (проводившийся в 1980-2003 гг. в Клину по инициативе директора училища Л.Л. Артыновой), студенты-теоретики, прошедшие летнюю экскурсионную практику, проводили экскурсии по Дому-музею П.И. Чайковского для учащихся нового приема.

С 1988 года ежегодно в апреле, одновременно с первой консультацией, проводится День открытых дверей теоретического отделения училища (колледжа), на которых в форме концерта-беседы представляются все предметы, входящие в учебный план. Выступают студенты всех курсов колледжа, нередко также и выпускники прошлых лет.
(См. День открытых дверей Теоретического отделения в 2007 году …)

Среди преподавателей, вошедших в педагогический коллектив теоретического отдела в 1991-2006 гг., его недавние выпускники: Е.В. Щербаков, Е.Д. Кузнецова, К.В. Корзун, Е.А. Воловик, Б.В. Мукосей, Н.И. Боголюбская, М.В. Гутник, Т.И. Сорокина, А.О. Митина и др.

С 1999 года преподаватель К.В. Корзун проводит летнюю фольклорную практику. Уже более 20 студентов теоретического отделения приняло участие в фольклорных экспедициях в различные районы Воронежской, Брянской, Архангельской, Вологодской, Псковской, Новгородской и других областей России. На основе собранных материалов устраивались отчетные концерты и создавались учебные пособия. В 2006 году был издан фольклорный сборник «„Покажите, люди, дорогу”. Песни и обряды Мглинского, Жуковского и Клетнянского районов Брянской области в расшифровках студентов и выпускников АМК при МГК» с компакт-диском, созданный на основе материалов фольклорных экспедиций (редакторы-составители Е.В. Иванова и К.В. Корзун).